Você pode compactar bancos de dados do Access (MDB) de uma aplicação ASP de duas formas:
1. Via DAO (versão 3.5 precisa estar instalada)
Set Engine = CreateObject("DAO.DBEngine.35")
Engine.CompactDatabase "path\database.mdb", "path\compacted_database.mdb"
2. JRO (MDAC 2.1 ou superior precisa estar instalado)
Set Engine = CreateObject("JRO.JetEngine")
Engine.CompactDatabase "Provider=Microsoft.Jet.OLEDB.4.0;Data Source=path\database.mdb", _
"Provider=Microsoft.Jet.OLEDB.4.0;Data Source=path\compacted_database.mdb"
Ambas as soluções não suportam a compactação para o mesmo nome de arquivo. Você precisa criar um banco de dados compactado temporário e então copiá-lo sobre o bancos de dados original.
Retirado de http://www.pstruh.cz/tips/detpg_CompactMDB.htm
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